Někdy se při programování obrábění můžete setkat se situací, kdy se skupina programových segmentů objeví vícekrát v jednom programu nebo je použita v několika programech. Tuto skupinu programových segmentů můžeme extrahovat, pojmenovat je a uložit samostatně; tato skupina programových segmentů se nazývá podprogram. Podprogram je segment obráběcího programu, který může být vyvolán příslušnými instrukcemi řízení obráběcího stroje a má obecně nezávislý význam během obrábění. Obráběcí program obsahující instrukci pro vyvolání podprogramu první-úrovně se nazývá hlavní program. Instrukce pro volání podprogramu je také segmentem programu, který se obecně skládá z instrukce volání podprogramu, názvu podprogramu a počtu volání. Konkrétní pravidla a formáty se liší v závislosti na systému. Například pro stejnou instrukci "zavolejte jednou podprogram číslo 55" systém FANUC používá "M98 P55.", zatímco americký systém AB používá "P55x."
Podprogramy lze vnořovat, to znamená jednu úroveň do druhé. Vztah mezi horní a dolní úrovní je stejný jako vztah mezi hlavním programem a podprogramem první{1}}úrovně. Maximální počet vnořených úrovní je určen konkrétním CNC systémem. Forma a složení podprogramu jsou do značné míry stejné jako u hlavního programu: na prvním řádku je číslo (jméno) podprogramu a na posledním řádku je instrukce „konec podprogramu“, s tělem podprogramu mezi nimi. Příkaz ukončení hlavního programu však ukončí hlavní program a resetuje CNC systém; jeho instrukce jsou standardizované, přičemž každý systém používá M02 nebo M30. Instrukce ukončení podprogramu na druhé straně ukončí podprogram a vrátí se do hlavního programu nebo předchozího podprogramu. Jeho instrukce se v různých systémech liší; například systémy FANUC používají M99, systémy Siemens používají M17 a AB (americké A/B) systémy používají M02.
